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學術動態

生物標志物與食品安全檢測課題組在計算機輔助的蛋白質設計理論研究方面取得新進展
2018年05月16日 00:00 管理员 点击:[]

近日,我院生物标志物与食品安全检测课题组在计算机辅助的蛋白质设计方面提出了新的设计方法。研究成果于5月4日在Nature(《自然》)子刊Scientific Reports(《科学报告》)在线发表(https://www.nature.com/articles/s41598-018-25471-z),影响因子为4.259。生物科学与技术学院姚建庄老师是本文通讯作者。

对当代生物化学家来说,计算机辅助的蛋白质设计是一项十分具有挑战性和吸引力的工作,例如:设计催化新的化学反应或具有更高催化活性的酶。目前来说,生物化学家通常利用优化酶促反应限速步骤过渡态(TS)来提高目标催化活性。本文作者利用结合量子力学/分子力学(QM / MM)分子动力学(MD)和自由能(PMF)模拟,对高效面筋水解酶(Kuma030)的催化机理进行了描述。通过整合我们的本文计算结果和生物化学传统经典的广义酸碱催化理论,本文首次提出优化基态(即反应物状态)也可以降低反应自由能垒从而达到提高酶反应效率的目的。基于此,本文提出了新的简化的蛋白质设计策略。

姚建庄,男,講師,1982年出生,毕业于美国田纳西大学,现主要从事计算生物化学和计算机辅助蛋白质设计方面的研究,主持国家自然科学基金青年基金1项,山东省博士基金1项,以第一或通讯作者发表SCI论文13篇。

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